为了阻止地球人探索太空，宇宙怪人纳佐计划用伊卡洛斯惑星撞击地球。联合国秘密机关－珍珠研究所的成员观测到伊卡洛斯惑星的轨道异常，于是便制造超破坏光线炮以摧毁伊卡洛斯惑星。就在超破坏光线炮即将完成的时候，负责寻找用来制造光线炮特殊镜片的原石的小队发出了求救信号。 研究所成员按照信号指示来到了探索小队出意外的地方，而那里竟然是再次浮出海面的亚特兰蒂斯大陆。在那里，研究所成员发现探索小队人员已全部遇害，接着他们受到从海底出现的纳佐之塔的攻击，于是一行人逃进一座神殿内。 在神殿寻找出路的时候，研究所成员挖出了一副棺材。按照棺上文字所说，棺内的人名叫黄金蝙蝠，他预知一万年后地球将有危机，如果用水将他唤醒的话他就会再次为正义而战。这时，探测器显示棺材内有原石反应。当研究所成员把棺材打开的时候，他们发现躺在里面的竟然是一具金色的骷髅…… 就在此时，神殿已经被纳佐的追兵重重包围。同行的珀尔博士之孙女·艾美莉听到黄金蝙蝠的呼唤后，便将水洒于黄金蝙蝠的胸上。黄金蝙蝠竟然奇迹般地复活了，并且帮助研究所成员击退敌人。 之后，研究所成员与黄金蝙蝠一同联手，阻止纳佐摧毁地球的阴谋。